病原微生物的檢測是感染類疾病的診斷治療中*的重要環節。
傳統的病原微生物檢測方法分為培養和非培養兩類，臨床*的金標準是分離培養和生化鑒定，這種方法的操作周期長、失敗率高，并且不是每種病原體都可以培養。相比之下，不依賴培養的鏡檢、抗體抗原免疫等方法，在采樣當天即可報告結果。這些方法的時效性強，但在準確性上存在明顯劣勢。
近年來，基于核酸檢測的分子診斷技術發展迅速。基于PCR的方法直接從樣本中識別微生物可以加速鑒定，但這些測試僅包括少量病原體，在選擇測試之前需要進行推定診斷，仍然不能滿足的臨床需要。
然而，大量的重癥感染病例由于不能得到及時的診斷和治療而延誤病情，造成不可挽回的嚴重后果。如何才能實現快速，高效，精準，無創，廣譜定性的病原檢測已成為臨床醫學追求的目標。
cfDNA檢測技術讓這一希望得以實現：這種非侵入性診斷技術目前在在胎兒異常診斷、移植器官排異檢測及癌癥的表征及檢測中已得到大量應用，而在病原感染檢測中，cfDNA檢測技術可以實現血漿中不同位置感染的病原體DNA的片段檢測，實現無創檢測多種感染的可能。
膿毒癥，一種因感染導致組織和器官損傷，進而造成的全身性炎癥反應。每年有近3000萬人會感染此類疾病，其中超過1800萬為嚴重病例，800萬人會因此喪生。早期的發現和適當的治療在膿毒癥預防和控制方面意義重大。
2019年，著名學術期刊《Nature microbiology》報道了一例利用cfDNA技術檢測膿毒癥病原的實例，工作流程如下圖：
基于此技術，病原微生物的臨床可報告范圍（CRR）有了極大拓展，可包括（1）DNA病毒，可培養細菌，其他條件苛刻和不可培養的細菌，分枝桿菌，文獻中的真核病原體；（2）在已發表的病例報告中引用的病原體數據庫；（3）從臨床分離測序獲得的參考基因組以及已報道的致病性病原。
這其中，快速精準以及低微核酸起始量（10pg-100ng）的測序文庫構建，得益于Tecan*的Ovation Ultralow Library System V2 文庫構建技術，該技術廣泛適用于各種類型的核酸樣本建庫，尤其在面對cfDNA檢測的超低起始量時表現良好，并能在3小時內完成簡單，自動化的建庫過程，并能應對各種GC含量的高保真擴增。技術路線如下：
Ovation Ultralow Library System V2可應用于各種類型的測序研究，包括：全基因組測序、外顯子測序、ChIP-seq、微生物組研究，液態活檢，石蠟包埋樣本（FFPE）等。建庫過程中不會產生接頭二聚體（見下圖，與競品的比較）。
效果穩定，不受核酸起始量影響：
在GC含量的樣本中也能有穩定出色的表現：
在《Nature microbiology》的膿毒癥cfDNA病原檢測研究中，Ovation Ultralow Library System V2大放異彩。研究中利用350名敗血癥患者，166份未發現明確膿毒癥的樣本開展cfDNA的提取，運用二代測序檢測技術，鑒別并定量血液中1250種與臨床相關的細菌、DNA病毒、真菌和真核寄生蟲，可利用血液中游離微生物DNA（cfDNA），準確、快速地診斷多種感染。
研究中的cfDNA病原微生物檢測，可以實現高度敏感（靈敏度LoD &小檢測量 LoQ）的病原微生物檢測,廣譜病原檢測可報告范圍使cfDNA病原檢測技術具有更廣泛的敏感性：在不用含量血漿DNA檢測中均有出色表現，結合臨床驗證，125次模擬中有121次正確檢測，靈敏度達97%：陽性預a-c測值（Ppv）達99%，與預測的95%高度一致（圖a-c）；
該技術可實現病原的精準檢測，在實驗模型中進行檢測精準度研究發現，快速檢驗測試中的重復測量，個體微生物的平均變異系數為21.1%（±13.6%），與實驗室內的檢測精密度相當。
由于個體間cfDNA中病原成分的差異，在使用臨床樣本時難以準確區分cfDNA中低水平存在的環境污染DNA。所以研究利用重復測量評估了這種方法檢測的分析特異性（下圖）。在被測試的50件復制品中，意外的微生物cfDNA僅在一次復制中檢出，總特異性為98%；以不同比例混入混入菌株檢測，檢測值與預期也保有良好一致性，同時證實了密切相關物種共感染造成的干擾極低。
為了評價血漿來源的微生物cfdna作為廣泛感染病原體的生物標志物的有效性，研究亦將微生物cfDNA測序結果與病原體鑒定結果進行了比較（下圖）。與原血培養相比，cfDNA技術敏感度可達93.7%，同時cfDNA技術提供了物種級鑒定的靈敏度和速度。
血液游離微生物DNA測序，有望作為非侵入性檢測方法用于感染疾病檢測。而快速高效高靈敏精準的建庫技術則是臨床病原體檢測診斷的核心。Ovation Ultralow Library System V2技術，完美將快速建庫，低核酸起始量背景，高精準測量要求整合，滿足了多種研究和樣本類型的建庫要求，為科學研究及臨床醫學應用提供了強有力的技術支撐。
參考文獻：
Analytical and clinical validation of a microbial cell-free DNA sequencing test for infectious disease. Nature microbiology,2019.
上海睿玥實驗器材有限公司主營產品：全自動熔點測定儀,梯度PCR基因擴增儀,平行反應合成儀
版權所有 ICP備案號:滬ICP備20017922號-1 技術支持：化工儀器網 管理登陸 總流量：332980 網站地圖
